Efter den stora epidemin har den spillra som finns kvar av människosläktet slutit fred med aporna. Men när de genetiskt manipulerade aporna vuxit sig starkare under Caesars styre visar sig freden vara bräcklig. Nu riskerar ett fullskaligt krig bryta ut mellan människor och primater för att en gång för alla bestämma vem som styr planeten.
Filmen utspelar sig i en möjlig framtid där ett forskarlags jakt på ett botemedel för Alzheimers leder till att en grupp apor utvecklar intelligens lik vår egen. Detta blir upptakten till ett fullskaligt krig mellan apor och människor om den planet som vi hittills kallat vår...
Caesar och de andra aporna tvingas in i en dödlig konflikt med en människoarmé som leds av en hänsynslös överste. När aporna lider enorma förluster brottas Caesar med sina mörka instinkter och beslutar sig för att hämnas sin art.
Allt fler människor börjar långsamt förvandlas till djur. De drabbade lider av mutationer som ger dem attribut från fåglar, lejon, björnar eller apor. Myndigheterna tvingar dem att lämna hem och familj. Mutanterna blir internerade på speciella kliniker. François gör allt för att rädda sin fru som drabbats av detta mystiska fenomen. När situationen blir värre driver det François och 16-årige sonen Émile att själva söka efter en lösning. En resa som för alltid kommer att förändra deras liv.
