De två älskande själsfränderna Eric Draven och Shelly Webster mördas brutalt när demoner från Shellys mörka förflutna kommer ikapp dem. Eric får chansen att rädda sin stora kärlek genom att offra sig själv och beger sig iväg för att söka skoningslös hämnd på mördarna. Han korsar de levandes och de dödas världar för att ställa allt till rätta.
Ett hemligt forskningsprojekt försöker återuppliva andra världskrigets "Philadelphia Experiment", som var ett försök att göra krigsfartyg osynliga. När experimentet lyckas för det även tillbaka det ursprungliga skepp som försvann under det första testet 1943. Men något har gått fel då det för med sig död och förstörelse. Det är upp till den enda överlevande från det första experimentet och hans barnbarn att stoppa förödelsen innan det är för sent.
En ung flicka leder sin lillebror in i mörka skogen, för att kunna hitta mat och jobb, men råkar istället på något ondskefullt.
The story follows Motoko Kusanagi, a highly skilled member of the military, whom upon meeting Daisuke Aramaki, a current chief of the Public Security Section 9, in less than desirable conditions struggles to clear her name whilst forming her own independent team with the highest priority under the sponsorship and guidance of the chief Aramaki himself. Ghost in the Shell: Arise is a re-imagining of Masamune Shirow's Ghost in the Shell.
