No final do século XVIII, Mendoza, um mercador de escravos, sofre uma crise de consciência por ter matado o seu irmão, Felipe. Para tentar penitenciar-se torna-se jesuíta e une-se a Gabriel, um missionário bem intencionado que luta para defender os índios dos colonos portugueses e espanhóis que os perseguem, e que vai tentar impedir que o Papa mande encerrar as missões jesuítas na região.
A ação centra-se nas lutas de três personagens: Charles Eastman, um jovem médico Sioux educado em Dartmouth; Sitting Bull, o líder orgulhoso dos Lakota que recusa submeter-se às políticas do governo desenhadas para acabar com a identidade cultural indígena; e o Sanador Henry Dawes, um dos homem responsáveis pela política governamental em questões relacionadas com os nativos. Enquanto Eastman e a professora Elaine Goodale se esforçam para melhorar a vida dos Sioux na reserva, o Senador Dawes tenta convencer o Presidente a tratar melhor os nativos.
Numa missão de vigilância em uma floresta primordial, um guarda-parque encontra dois sobreviventes após um estilo de vida pós-apocalíptico. O menino e seu pai filosófico parecem ter sua própria religião, e uma relação misteriosa com a natureza. Há muitos aspectos suspeitos em sua existência, mas quando a cabana é atacada por estranhos seres pós-humanos uma noite, ela aprende que há uma maior ameaça neste deserto emergente. Gaia é uma fantasia de horror ecológico que envolve as questões ardentes
