Karim, pianista marzący o karierze w Europie, mieszka w targanym wojną miasteczku na Bliskim Wschodzie. Mężczyzna jest zmuszony sprzedać swoje pianino, aby zdobyć pieniądze na sfinansowanie ucieczki. Niestety jego instrument zostaje zepsuty.
Akcja "Timbuktu" dzieje się w tytułowym mieście w Mali, nad rzeką Niger, w którym władze przejęli dżihadyści i narzucają mieszkańcom islamistyczny reżim. Nie wolno palić papierosów, tańczyć, śpiewać, ani słuchać muzyki. Zakazana jest nawet piłka nożna. Najbardziej poszkodowane są jednak kobiety, które zostają niemal całkowicie wyłączone z życia społecznego i narzuca się im przestrzeganie absurdalnych nakazów.
Podróżujący po Teheranie jako taksówkarz reżyser w rozmowach z pasażerami pokazuje absurdy i grozę życia w jego ojczyźnie.
Dwunastoletnia afgańska dziewczynka i jej matka tracą pracę w szpitalu, który zostaje zamknięty po przejęciu władzy przez Talibów. Dodatkowo wprowadza się zakaz opuszczania domów przez kobiety bez „prawnej opieki”, czyli towarzystwa dorosłego mężczyzny lub chłopca. Główne bohaterki zostają w ten sposób praktycznie skazane na areszt domowy, ponieważ nikt inny oprócz podstarzałej babci z nimi nie mieszka. Nie mogąc liczyć na pomoc z niczyjej strony, kobieta przebiera swoją córeczkę za chłopca, nadaje jej imię Osama i wyrusza wraz z nią na poszukiwanie zatrudnienia.
