サブマリン707R

Om de terroristische organisatie die bekend staat als 'USR' te bestrijden, bundelen elf landen hun zeestrijdkrachten om de Peace-Keeping Navy te vormen. De hel breekt echter los wanneer admiraal Red en zijn USR-onderzeeër UX de openingsceremonie van de PKN neerstorten en het grootste deel van de vloot vernietigen. Als de UX op het laatste moment de genadeslag toebrengt aan het vliegdekschip Apollo-Norm, verschijnt uit het niets de verouderde Japanse onderzeeër 707 die zichzelf opoffert om het vlaggenschip van de PKN te redden. Zes maanden later wordt kapitein Youhei Hayami weer opgeroepen om leiding te geven aan een nieuwe groep rekruten en aanvoerder te zijn van een geheel nieuwe 707 in de oorlog tegen terrorisme onder water.