De koppige 17-jarige Hercules merkt dat hij gezegend is met kracht en vermogens die niemand van zijn sterfelijke leeftijdsgenoten bezit. Maar zijn brutale instelling en zijn streken leiden vaak tot meer problemen dan hij aankan. Samen met de nobele en geestdriftige Jason, de sluwe Iolans en de mooie Yvenna, trotseren Hercules en zijn mede-cadetten alle lichamelijke beproevingen waarmee de goden hen bestoken.
Tien jaar nadat hij in een heroïsch gevecht de monsterlijke Kraken heeft verslagen, probeert Perseus (halfgod en zoon van Zeus) een normaal leven te leiden als visserman. Ondertussen strijden goden en Giganten om de overheersing. De goden zijn verzwakt door een gebrek aan menselijke devotie en verliezen de controle over de gevangen Giganten en hun woeste leider Kronos, de vader van de heersende broers Zeus, Hades en Poseidon.
De bloeddorstige koning Hyperion (Mickey Rourke) laat met zijn leger een spoor van vernietiging achter in het oude Griekenland. Hyperion is op zoek naar de boog van Epirus. Daarmee wil hij de Goden van Olympus omverwerpen en zichzelf tot heerser van de wereld kronen. Een door Zeus (Luke Evans) uitverkoren sterfelijke, Theseus (Henry Cavill), moet het gevecht tegen Hyperion leiden. Met de hulp van het orakel Phaedra (Freida Pinto) verzamelt de jonge krijger genoeg mannen om zich heen om het op te nemen tegen de verraderlijke koning en zijn leger.
Geboren als een god, maar opgevoed als een mens probeert Perseus hulpeloos zijn familie te redden van Hades, de wraakzuchtige god van de onderwereld. Perseus biedt zich vrijwillig aan om deel te nemen aan een levensgevaarlijke missie om Hades te vermoorden, voordat die de macht van Zeus kan grijpen, om zo de aarde in een hel te laten veranderen en prinses Andromeda van haar leven te beroven.
Perseus moet Andromeda redden voor ze trouwt met een monster. Zeus heeft een paar opgaves voorbereid voor Peseus op zijn weg: Medusa verslaan en een manier vinden om Kraken te doden.
Hercules wordt van de berg Olympus naar het moderne Manhattan gestuurd, waar hij professioneel worstelt voordat hij in aanraking komt met een bende gangsters.
Een jonge legerkapitein (Liam McIntyre) wordt een goede vriend van Hercules (Kellan Lutz), de zoon van de oppergod Zeus. Maar nadat een slechte koning hen misleidt, worden Hercules en de kapitein in slavernij verkocht en moeten ze zij aan zij vechten om hun vrijheid terug te verdienen
