Alan, zoon van een speelgoedwinkel-eigenaar, probeert een paar nieuwe actie-figuurtjes uit: De Commando Elite en de Gorgonites. Hij weet echter niet dat deze speeltjes ontworpen zijn om te bewegen en te praten. De fabrikant heeft echter zeer intelligente militaire computerchips gebruikt, waardoor de poppen in staat zijn te leren. Een veldslag tussen de Commando's en de Gorgonites staat op het punt te beginnen.
Leslie Presswell (Robin Williams), een vriendelijke, beetje excentrieke jongeman raakt in een strijd verwikkeld met zijn oom Leland. Deze oud-militair heeft de speelgoedfabriek van de familie overgenomen en wijzigt het beleid van de fabriek drastisch door in het geheim echt wapenspeelgoed te maken. Wanneer Leslie hier achter komt, wordt hij ertoe gedwongen al zijn fantasie en vindingrijkheid te gebruiken om zijn oom een nederlaag te bezorgen en daarmee de rust terug te laten keren in zijn geliefde speelgoedfabriek.
Molly Mahoney is de manager van Mr. Magorium's Wonder Emporium, de vreemdste en meteen de grootste speelgoedhandel op aarde. Als de 243-jarige Mr. Magorium de winkel aan haar overlaat, gebeuren er vreemde dingen.
Twee rivaliserende eigenaren van speelgoedwinkels bundelen met tegenzin hun krachten als een gewetenloze speelgoedmagnaat een kiosk in hun stad opent.
