Tijdens de zwarte plaag in de 14de eeuw in Europa krijgt een ridder de opdracht om een meisje te vervoeren, dat ervan verdacht wordt een heks te zijn die verantwoordelijk zou zijn voor de plaag. De ridder denkt echter dat ze valselijk wordt beschuldigd en samen met een groepje aanhangers probeert hij het meisje naar een mysterieuze plaats te brengen, waar haar onschuld bewezen kan worden, en waar ook de plaag gestopt kan worden.
Na een mysterieuze dood in een klooster, denken de monniken dat dit het begin van de nieuwe apocalypse is. Het is ook uiterst slecht getimed aangezien ze binnenkort bezoek krijgen van belangrijke geestelijke leiders.
In een aantal sketches wordt de draak gestoken met verschillende periodes uit de geschiedenis van de mensheid, zoals de tijd van de holbewoners, de Romeinse tijd en de Franse Revolutie.
Venetië, 16e eeuw. Wanneer Veronica Franco de volwassen leeftijd bereikt kan ze niet trouwen met Marco Venier, de man van wie ze houdt, omdat ze geen geld heeft. Ze wordt door haar moeder Paolo overgehaald om courtesan te worden.
Frankrijk, 17e eeuw. Zijn radicale politieke en religieuze ideeën en rijkelijk seksleven bezorgen een priester vele vijanden. Wanneer een groep nonnen door hem 'behekst' lijken te zijn, maken zijn rivalen gebruik van de resulterende massahysterie om de priester aan te houden.
Het Middeleeuwse Engeland wordt geteisterd door de pest. Lijken liggen bij honderden verspreid en het land is ondergedompeld in chaos. De kerk verliest zijn greep op de bevolking, bij wie de angst overheerst. Er is echter een dorp dat vooralsnog gespaard lijkt te blijven voor de ziekte. Het is veraf gelegen, omringd door moeras. Er wordt gefluisterd dat het dorp geleid wordt door een tovenares. Deze Langiva (Carice van Houten) zou doden weer tot leven kunnen wekken. De gevreesde ridder Ulrich (Sean Bean) krijgt van de kerk de opdracht deze geruchten te onderzoeken. Als gids neemt hij de jonge monnik Osmund (Eddie Redmayne) mee, die hem en zijn bende huurlingen als gezant van God veilig door het moerasland naar het dorp moet leiden. De reis is vol gevaren, maar pas in het dorp zelf stuiten ze op de ultieme gruwel.
De 16-jarige Maria wordt gedwongen naar het Serra D'Aires-klooster te gaan, dat in het geheim wordt gerund door satanisten.
Francis Barnard gaat naar Spanje als hij hoort dat zijn zuster Elizabeth is overleden. Haar echtgenoot, Nicholas Medina, de zoon van de ergste martelaar van de Spaanse inquisitie, vertelt hem dat zij is overleden aan een bloedziekte, maar Francis vindt dit moeilijk om te geloven.
Een Italiaanse edelman zoekt hulp nadat zijn verlamde dochter bezeten raakt door de geest van een kwaadaardige voorouder.
Een pelgrimstocht van twee zwervers voert hen langs alle excessen en vormen van ketterij die sinds het ontstaan van het christendom hebben bestaan. Dit resulteert in een surrealistische reeks episoden, visioenen, ontmoetingen en dromen waarin religie uitsluitend doelwit is voor harde satire.
De film vertelt het verhaal van de twaalfjarige Storm Voeten, zoon van drukker Klaas Voeten, die in het geheim verboden lectuur drukt. Als Klaas door de Inquisitie wordt betrapt tijdens het drukken van een belangrijke brief van Maarten Luther, wordt Storm ongewild het middelpunt van de jacht op deze brief. Bedreigd door de Inquisitie en geholpen door Marieke, een katholiek weesmeisje uit de ondergrondse tunnels, moet Storm in een race tegen de klok zijn vader zien te redden van de dood als ketter.
In het Engeland van de 17 de eeuw veroordeelt rechter Jeffries een oude vrouw, die beschuldigd wordt van hekserij, tot de brandstapel. Midden in de vlammen schreeuwt de veroordeelde dat haar twee dochters zich zullen wreken. De twee meisjes zijn als leerlingen in het klooster gegaan. Eén van hen valt in de handen van de ongenadige rechter en onder folteringen bekent ze dat ze bezeten is van de duivel. Maar haar zuster, die uit het klooster gevlucht is, beschikt wel over satanische krachten en zal de vloek voltrekken.
Italië, aan het einde van de 16e eeuw. Bedreigd door de protestantse reformatie, begint de rooms-katholieke kerk de eerste systematische ideologische oorlog gericht op de totale controle over het geweten. Het biechthokje verandert van een plek om zielen te troosten tot een tribunaal voor geestelijken. Luisteren, bespioneren en aanklagen van buren worden verplichte praktijken, met straffen als excommunicatie, opsluiting of de brandstapel. Menocchio, een oude, koppige autodidactische molenaar in een klein verlaten dorp tussen de bergen in Friuli, besluit in opstand te komen.
Northern Italy, 1327. The Franciscan monk William of Baskerville and his young apprentice Adso of Melk reach an isolated Benedictine abbey on the Alps to aid in a dispute between the Franciscan Order and the Avignon papacy. Upon arrival at the abbey, the two find themselves involved in a chain of mysterious deaths.
