De internationaal gerespecteerde chirurg Dr Josef, gespecialiseerd in het opereren van Siamese tweelingen, heeft een eigenaardige visie op de toekomst van het menselijk ras. Twee knappe vrouwelijke Amerikaanse toeristen stranden op zijn luxeuze landgoed. De volgende dag worden ze echter, net als een Japanse man, wakker in zijn kelder.
Wanneer buitenaardse wezens de videobeelden van klassieke arcadespelletjes verkeerd interpreteren als een oorlogsverklaring vallen ze de aarde aan. Hierbij gebruiken ze de spelletjes als model voor hun verschillende aanvallen.
Een man raakt seksueel geobsedeerd door een DVD opname van de eerste film van de "Human Centipede" serie. Hij gebruikt schuurpapier om zichzelf te bevredigen tijdens het bekijken van de film. Hij besluit een eigen "Human Centipede" te maken van 12 slachtoffers en zijn eigen 'centipede' te gebruiken om zijn eigen seksuele genot te bevredigen.
Spanje, begin 17e eeuw. Ambrosio is de meest geprezen monnik van Madrid. Doordat hij sinds zijn vroegste jeugd binnen de abdijmuren heeft geleefd, is hij met dertig jaar uitgegroeid tot de meest vrome man in de stad. Dan ontdekt hij echter dat het kwaad zijn klooster is binnengedrongen...
