De machtige, maar arrogante krijger Thor wakkert met zijn roekeloze acties een eeuwenoude oorlog aan. Thor’s vader Odin verbant Thor naar de Aarde en hier wordt hij gedwongen tussen de normale bevolking te leven. Hij wordt verliefd op de jonge wetenschapper Jane. Terwijl zij een relatie ontwikkelen op Aarde beseft Thor wat het vergt om een echte held te zijn wanneer zijn aartsvijand duistere krachten van Asgard naar de Aarde stuurt.
Thor is op een reis zoals hij nog nooit heeft meegemaakt: een zoektocht naar innerlijke vrede. Maar zijn pensionering wordt brutaal onderbroken door een galactische moordenaar. Deze staat bekend als Gorr the God Butcher, die de uitroeiing van de goden nastreeft. Daarbij heeft hij hulp nodig van een oude bekende.
Nadat zijn familie wreed wordt afgeslacht door de steenkoude huurling Sub-Zero, wordt Hanzo Hasashi verbannen naar de Netherrealm. Daar krijgt hij, in ruil voor zijn dienstbaarheid aan de sinistere Quan Chi, de kans om zijn gezin te wreken - en wordt hij herboren als Scorpion, een verloren ziel die op wraak uit is. Terug op Earthrealm verzamelt Lord Raiden een team van elite-krijgers - Shaolin-monnik Liu Kang, Special Forces-officier Sonya Blade en actiester Johnny Cage - een onwaarschijnlijke groep helden met één kans om de mensheid te redden. Om dit te doen, moeten ze Shang Tsung's horde Outworld-gladiatoren verslaan en regeren over het Mortal Kombat-toernooi.
