Luis, een 18-jarige jongen met inheemse wortels, gaat naar de Heroic Military College in de hoop een betere toekomst te verzekeren. Daar wordt hij geconfronteerd met een rigide en institutioneel gewelddadig systeem dat is ontworpen om van hem een perfecte soldaat te maken.
Amores Perros vertelt het verhaal van drie mensen in Mexico City. In het eerste verhaal wordt Octavio verliefd op zijn schoonzus Suzanna en wil een nieuw leven met haar beginnen. Om aan geld te komen geeft hij zijn hond Cofi aan een man die hondengevechten organiseert.
Tijdelijk in de steek gelaten door hun vriendinnen ontmoeten de rijke tieners Tenoch en Julio de oudere Luisa op een bruiloft. Om indruk op haar te maken vertellen de twee dat ze op het punt staan een roadtrip te maken naar het mooie en geheime strand genaamd Boca del Cielo.
Marcos, een man van eenvoudige komaf, wordt getergd door een groot drama dat hij over zichzelf heeft afgeroepen. Hij kidnapte samen met zijn vrouw een baby voor losgeld, maar het kind kwam te overlijden. Getekend door deze ellende zoekt Marcos zijn heil bij prostituee Ana, een rijkeluisdochter die de prostitutie ingegaan is om zich af te zetten tegen haar afkomst en haar behoeften te bevredigen.
De jonge pater Amaro wordt naar Mexico gestuurd om te helpen zorgen voor de ouder wordende pater Benito en staat voor een morele uitdaging wanneer hij een 16-jarig meisje ontmoet met wie hij een affaire begint. Op dezelfde manier had de moeder van het meisje een affaire met pater Benito. Pater Amaro moet kiezen tussen een heilig of zondig leven.
