De Tweede Wereldoorlog nadert en China verwacht te worden binnengevallen door Duitsland en Japan. De heer Ang wordt ingehuurd door een Chinese groep die op zoek is naar een 'geheim document'. Veel andere groepen willen het ook in handen krijgen. Het bevindt zich op de bovenste verdieping van een toren en Ang moet zich een weg naar de top vechten.
Een jonge man (Bruce Li) raakt onbewust betrokken bij een geldzwendel. Als hij weigert het geld terug te geven, ontvoeren de slechteriken zijn vriendin en houden haar gegijzeld in de Tower Of Death. Eenmaal daar krijgt hij twee opties. Kijk hoe zijn vriendin van de top wordt gegooid of vecht tegen verschillende krijgskunstenaars op 7 verschillende niveaus om zijn vriendin terug te winnen.
Ninja Over the Great Wall speelt zich af in het begin van de jaren dertig, toen China werd bezet door de Japanse imperiale strijdkrachten. Wa Chi Keung is een boer die ontsnapte aan de massamoord op zijn dorp door de Japanners. Hij voegt zich bij zijn meester in Bejing, kort voordat de oude man door ninja's wordt vermoord.
