Nugalėjęs Gidorą ir tapęs „alfa monstru“, Godzila pasitraukė į vandenynų gelmes. Tačiau dėl neaiškių priežasčių jis ima vis dažniau atakuoti pakrantėse įsikūrusius miestus. Neturėdami kitos išeities, žmonės nusprendžia į pagalbą pasitelkti Kongą. Jį dar gabenant iš gimtosios Kaukolių salos, Godzila pajunta kito titano buvimą ir puola į kovą. Kilus žūtbūtinei monstrų dvikovai, pamažu ima aiškėti, kodėl Godzila staiga tapo priešiškas žmonijai. Paslaptinga kompanija, besirengianti užkariauti pasaulį, naudoja nelegaliai gautą titanų galios šaltinį, į kurį ir reaguoja Godzila. Keletas žmonių, pasiryžusių demaskuoti paslaptingas jėgas, už virvučių tampančias galingiausius pasaulio padarus, kartu su Kongu leidžiasi kelionėn į Žemės gelmes, kuriose kažkada gyveno gigantiškosios gorilos protėviai ir kur slypi didžioji šių dviejų išlikusių titanų paslaptis.