마다가스카 섬에서 좌충우돌 모험을 끝낸 뉴요커 4인방 사자 알렉스(벤 스틸러), 얼룩말 마티(크리스 락), 기린 멜먼(데이빗 쉼머), 하마 글로리아(제이다 핀켓 스미스)는 펭귄 특공대가 제작한 비행기 ‘에어 펭귄’을 타고 뉴욕으로 컴백하던 중 또 다시 미지의 세계에 불시착하게 된다. 이번에는 말로만 듣던 진짜 生 야생 ‘아프리카’! 그들은 각자 헤어졌던 가족, 새친구, 연인을 만나 生 야생에 적응해간다. 그러던 중, 평화롭던 아프리카에 가뭄이 찾아오고 뉴요커 4인방은 혼란에 빠진 아프리카를 구하기 위해 뭉치는데… 과연 함께해도 모자란 이들이 위기의 아프리카를 구할 수 있을까? 그리고 아프리카를 탈출해 무사히 집으로 돌아갈 수 있을까?
지구 시각 2673년 3월 26일, 삭막해진 세상에 모든 미련을 버린 테일러 일행을 태운 우주선이 1년 6개월만에 어느 행성의 바다에 불시착한다. 그들은 이곳이 지구에서 320광년 떨어져 있고, 오리온좌의 태양 주위를 돌고 있는 어느 이름 모를 행성으로 추측한다. 행성의 생명체 유무를 위해 사막 위의 긴나긴 탐사 여행을 하던 그들은 곧 원시인의 무리를 발견하지만, 곧 말을 타고 총을 쏘아대는 원숭이들 무리에 쫓기게 된다. 이 행성은 바로 원숭이들의 지배 하에 있었고, 인간의 모습과 거의 비슷한 원시인들은 야생 동물처럼 살고 있었다.
서기 2029년, 우주정거장에서는 인류의 종의 기원을 밝히기 위한 연구가 진행 중이다. 인간들은 훈련 받은 침팬지를 이용해 비밀을 밝힐 소 우주선을 은하계로 내려보낸다. 하지만 우주선이 레이더에서 사라지는 사고가 발생하고, 공군 대위 레오 데이비슨(마크 월버그)이 긴급 출동하지만 계기판이 작동을 멈추고 이상한 힘에 이끌려 우주선은 이름 모를 행성의 늪지대에 추락한다. 레오가 도착한 행성은 원시의 모습을 가지고 있는 암울한 곳으로, 그곳에 살고 있는 인간들은 유인원에게 길들여져 멸시당하고 노예와 같은 비참한 생활을 하고 있는데…
트랙을 질주하고 급회전 커브를 자유자재로 구사하며 숱한 레이싱 대회에서 승리를 거둔 ‘스피드 레이서’는 이름 그대로 오직 경주를 위해 태어난 천부적인 레이서다. 타고난 재능과 레이싱 본능, 두려움을 모르는 저돌성으로 무장한 그가 유일하게 극복해야 할 대상이 있다면 그건 그의 우상이자 레이스 중 사망한 형 ‘렉스 레이서’와의 추억뿐이다. 아버지 ‘팝스 레이서’가 직접 설계한 분신과도 같은 레이싱 카 ‘마하 5’를 타고 형이 미처 이루지 못한 꿈을 이루기 위해, 레이싱에 모든 것을 바친 가족들을 위해 나아가던 스피드. 그러나 거대기업 [로열튼]의 스카우트 제안을 거절하면서 그룹의 회장 ‘로열튼’의 분노를 사게 된다. 그리고 소수의 거물들이 그들의 이익을 위해 레이서들을 배후에서 조종하고 있었던 레이싱 경주 이면의 추한 비밀과 맞닥뜨리게 된다.
자신의 재능 만큼 일이 뜻대로 풀리지 않던 인형사 크레이그는 애완 동물 가게에 나가는 아내의 조언대로 일을 구한다. 그가 구한 일은 손이 빠른 그에게 적합한 서류 정리. 경비를 절감하기 위해 7층과 8층의 사이에 자리잡은 7 1/2층의 레스터 회사에서 일하던 그는 맥신이라는 여자와 사랑에 빠진다. 그는 호감을 얻기 위해 그녀에게 접근하지만 그녀는 그를 거들떠 보지도 않는다. 어느날, 보관함 뒤로 빠진 서류를 찾던 그는 이상한 통로를 발견하는데...
{20세기말 '가상현실(Virtual Reality)이라는 기술이 널리 이용된다. 컴퓨터 속의 사상의 세계로 들어갈 수 있는 이 기술은 새로운 마인드콘트롤(Mind Control)이 악용될 우려도 있다.} 천재 과학자 래리 엔젤로(Doctor Lawrence Angelo: 피어스 브로스난 분)는 미국 정부 비밀 기관의 재정지원을 받아 가상현실기술을 연구한다. 그가 책임진 제5프로젝트 프로그램은 동물의 공격 본능을 자극하는 약물과 가상 현실을 이용하여 새로운 전쟁 무기를 만들기 위한 것이지만, 앤젤로 박사가 원한 것은 본래 그런 연구가 아니다. 그의 본래 의도는 가상 현실을 인간에게 이로운 기술로 완성하는 것이다. 그래서 실험 대상 침팬지가 공격 본능이 발등하여 우리를 뛰쳐나와 사살되는 사고가 발생하자, 엔젤로는 기관에서의 연구를 포기하고 집으로 돌아온다. 그러나 가상 현실 기술을 완성하겠다는 생각을 버리지 못한 채 그는 죠브(Jobe Smith: 제프 파이 분)라는 정신지체 청년을 실험 도구로 사용할 생각을 한다. 실험은 가상 현실을 이용하여 그의 지능을 향상시키자 좋은 뜻으로 시작된다. 그러나 실험 대상이 된 잔디깍이 청년은 놀라운 속도로 지능이 발달하면서 이상 증세를 나타내기 시작한다. 집에서 할 수 있는 연구에 한계를 느낀 엔젤로는 죠브를 기관 연구소로 데려간다. 죠브의 놀라원 지적능력을 목격한 가관 사람들은 엔젤로 몰래 연구 프로그램 내용을 변경하여 공격성 증대가 동반되게 한다. 지능이 극도로 발달하고 공격성까지 극대화된 죠브는 평소 그를 무시했거나 못살게 군 사람들에게 복수한 뒤, 스스로 지력향상 약물을 과다투약하여 무시무시한 악의 화신으로 둔갑하는데.
NASA의 긴급 미션을 받고 우주로 급출동하는 다섯 요원이 있었으니.. 그것은 바로 인간보다 영리한 침팬지들! 침팬지계 최고의 괴짜이자 단 한번도 져본적 없는 말빨의 달인 ‘햄3세’. 서커스 단원이었던 그는 ‘햄1세’인 할아버지가 최초의 우주 침팬지였다는 가문의 영광 덕분으로 얼떨결에 NASA의 긴급 프로젝트에 투입되지만, 정작 우주에서 놀 궁리만 한다. 이런 ‘햄’을 모시고(?) 우주선을 이끌 사령관 ‘타이탄’은 빈틈없는 완벽주의자지만 매번 ‘햄’에게 당하기 일쑤다. 홍일점인 침팬지계의 안젤리나 졸리 ‘루나’는 프로페셔널한 우주비행사. 그러나 ‘햄’의 예상치 못한 돌발 행동들로 골치가 아프다. 팀의 최고령 요원 ‘호스톤’은 손자뻘의 ‘햄’에게 멘토 같은 존재로 유일하게 그에게 힘이 되어 준다. 팀에서 누구보다 똘똘하고 영웅적인 면모를 갖추고 있는 귀여운 막내 ‘코멧’은 말썽꾸러기 ‘햄’을 비롯해 팀원들의 사기를 북돋우는 가장 어른스러운 요원이다. 정예(?)요원들로 구성된 침팬지들은 사라진 우주탐사기를 찾아오라는 NASA의 긴급명령을 수행하기 위해 우주로 떠나게 되고, 사상 최대의 미션을 수행하기 위해 분기탱천한다.
위스콘신 심리연구소에 버질이라는 이름의 침팬지가 보내져 온다. 연구원 테리는 버질이 전에 수화를 배운 것을 알게 되어 인간과 침팬지 사이에 의사소통이 가능하다는 것을 실증한다. 어느날 미공군 기지로 보내진 버질은 핵 전쟁시 공격받은 비행사의 생태와 생존 가능성을 실험하는 프로젝트 X의 실험 대상이 된다는 사실을 알고 경악한다.
아기 침팬지 오스카는 엄마와 함께 정글 속에서 생활하고 있었다. 그러던 어느날 갑자기 경쟁 침팬지 무리에게 습격당한 후, 오스카는 외톨이가 되었다. 혼자 살아남기 위해 발버둥 치고 있는 와중에, 다자란 어른 수컷에게 입양된다.
