전설적인 ‘조로’로 거듭난 알렉한드로 데 라 베가(안토니오 반데라스)와 아름다운 엘레나 (캐서린 제타 존스) 커플은 도시를 집어삼키려는 몬테로의 음모를 막은 이후 다시는 검을 잡지 않겠다는 ‘비밀서약’을 맺는다. 하지만 캘리포니아에서의 행복한 은둔생활도 잠시, 캘리포니아가 미연방의 31번째 주로 편입을 결정하자 토지 소유권을 독점하려는 대부호 연합은 걸림돌인 조로를 제거하기로 하는데... 시시각각 다가오는 음모를 막으려는 조로와 엘레나 사이의 갈등은 점차 깊어지고, 엘레나는 결국 조로의 곁을 떠난다. 한편 와인 비즈니스를 위해 프랑스에서 온 아망드 백작은 옛애인 엘레나에게 교묘하게 접근하는 한편, 비밀조직 ‘오르비스 우눔(Orbis Unum)’을 동원해서 역사의 흐름을 뒤바꿀 거대한 음모를 꾸미기 시작한다. 아망드와 오르비스 우눔의 비밀을 파헤치던 조로는 자신과 엘레나가 멀어지게 된 것도 철저한 음모에 의한 것이었음을 알게 되는데...
조로라는 이름으로 전설적인 영웅이 된 돈 디에고(앤소니 홉킨스)는 알타 캘리포니아에서 20년이 넘도록 스페인의 억압에 대항해 싸워 왔지만 폭군 라파엘 몬테로에게 모든 것을 빼앗기고 감옥에 갇힌다. 긴 세월이 흐른 후 감옥에서 탈출한 돈 디에고는 자신의 후계자를 찾다가 한때는 강도였던 알렉산드로 뮤리에타(안토니오 반데라스)를 발견한다. 상류계층과는 거리가 멀고 우악스럽기만 한 알렉산드로에게서 총명과 용기를 발견한 그는 엄격한 훈련을 통해 새로운 조로를 탄생시킨다. 그들은 원주민을 착취하여 금광을 개발하는 몬테로를 저지하기 위해 싸운다. 한편 몬테로를 친아버지로 알고 자란 엘리나(케서린 제타 존스)는 알렉산드로와 마주친 순간 운명적인 사랑에 빠지는데...
검의 달인 디에고는 여관에서 옛 친구 미겔와 재회한다. 미겔은 스페인 령 누오바 아라곤(Nuova Aragon)의 새로운 총독으로 임명 된 것, 그리고 그 땅의 사람들을 자신의 힘으로 돕고 싶다는 이상을 말한다. 디에고는 이상만 말하는 그에게 쓴 소리를 하지만 그날 밤 여인숙에 도적이 나타나 미겔은 목숨을 빼앗기고 맙니다. 디에고는 죽가 직전의 미겔에게 그의 이상을 인수 할 것을 맹세하지만, 그는 그것뿐만 아니라 “검으로 사람을 죽이지 않는다”는 것도 디에고에게 맹세하게 한다. 이렇게 디에고는 미겔의 이름을 빌려 Nuova Aragon 땅에 총독으로 부임 하지만 그 땅은 Huerta 대령이 이끄는 스페인 군에 의해 지배되고, 가난한 농민들은 부당하게 억압했다. 그 현상을 보고 분노에 가진 디에고는 정의의 영웅 ‘조로’가 되고 악한들을 퇴치 해 나가기 시작한다.
돈 디에고는 베가 알레한드로의 아들로서 스페인에서 생도 생활을 하다가 아버지의 부름을 받고 고향인 캘리포니아로 돌아오게 된다 돈 디에고가 스페인에 머무는 동안 베가 알레한드로는 부패한 관청으로부터 뇌물을 먹인 악인 돈 루이스 꾸안테로에게 시장 자리를 뺏기고 그의 수하인 에스테반 대령과 합심하여 시민들의 세금을 갈취하고 강제 노동을 시키는 등 민심을 흉흉하게 만든다. 고향에 돌아와 이 모든 사실을 알게 된 돈 디에고는 겉으로는 철부지 인척 어리광만 부리다가 밤이면 정의 실현을 위해 조로로 변신하여 가난한 노동자들을 위해 돈을 나눠주고 어려움에서 구해준다 결국 조로 때문에 큰 위험에 처한 꾸안테로와 에스테반 대령은 조로에게 높은 현상금을 걸지만 소용이 없고 영웅이 된 조로는 꾸안테로 시장을 찾아가 스페인으로 이주하라며 권고한다 돈 디에고는 꾸안테로의 조카인 로리타에게 한 눈에 반하게 되고 오해가 있었지만 곧 조로라는 것을 알고 그녀도 믿고 사랑하게 된다 하지만 곧 꾸안테로의 덫의 걸려 조로라는 것이 탄로가 나는 돈 디에고, 하지만 곤경에서 빠져 나와 에스테반 대령을 죽이고 궁지에 몰린 꾸안테로 시장에게 시민들에게 직접 사직 연설을 하라고 시킨다 후임으로는 선임 시장이었던 디에고의 아버지 베가 경을 지명하고 꾸안테로 전 시장은 스페인으로 부인과 함께 떠난다. 돈 디에고는 로리타와 결혼을 하게 되고 캘리포니아는 다시 평화를 되찾는다.
Diego de la Vega returns to California to avenge his father's murder. After assuming the title of Zorro, he confronts the Governor, the malevolent leader of the Chinese community and a secret society, placing the common good above all.
