10살 소녀 애니는 까칠한 위탁모 해니건의 구박에도 불구하고 언제나 밝고 긍정적으로 지내면서 부모님과 다시 만날 날만을 기다린다. 어느 날, 애니는 불량배들에게 쫓기는 강아지를 도와주려다가 자동차에 치일 뻔한다. 그 순간 뉴욕 시장에 출마한 억만장자 윌 스택스가 애니를 구해주고, 구출 동영상으로 인해 선거에서 고전하던 윌의 지지도가 급상승한다. 애니를 통해 인기 여세를 이어가고 싶은 스택스는 한동안 자신의 집에서 그녀와 함께 지내기로 한다. 구김살 없는 애니의 모습은 냉정한 사업가의 마음을 녹이게 되고, 스택스의 비서 그레이스의 보살핌 속에서 두 사람은 진짜 부녀와 같은 따뜻한 시간을 보낸다. 그런데 윌의 선거 참모 가이가 판도를 뒤집으려는 작전으로 애니의 부모 찾기를 모의하는데…
명석한 두뇌와 풍부한 상상력을 지닌 특별한 소녀. 자신의 이야기를 바꾸려 당당히 나서자 기적과도 같은 결과가 찾아오는데. 용감한 소녀 마틸다를 만나보세요!
1933년, 공황기의 뉴욕 시립 아동 보호소에 억만장자인 워벅스(알버트 피니 분)의 여비서 그레이스(G앤 레인킹 분)가 찾아와 크리스마스 휴가기간 동안 워벅스씨와 함께 지낼 아이를 찾던 중 고아 '애니'를 발견한다. 워벅스씨는 애니의 맑고 건강한 모습에 애정이 들어 양녀로 입양하려하나 애니는 부모가 그리워 거절한다. 워벅스씨가 애니의 부모를 찾아주기 위해 현상금을 걸고 캠페인을 벌리니 가짜 부모들이 수없이 나타나고 고아원 원장은 동생과 그 애인을 동원 가짜 증명서를 만들어 애니를 찾아간다. 허나 그들이 가짜임이 밝혀지며 애니를 구출하기 위하여 고아원 꼬마들, 워벅스 가족, 연방수사본부까지 동원하여 애니를 찾아내기에 이르는데...
서커스단에서 일하는 부부는 생활이 불편해지자 딸 실비아와 제니를 한 미망인의 집에 몇주간 맡겨두기로 한다. 많은 아이들을 키우며 살고 있는 미망인은 돈이 절실히 필요했고 자매를 맡아주는 댓가로 그의 부모에게 얼마의 돈을 받기로 한다. 자매를 거둔 후 처음에는 자신의 자식들과 같이 잘 대해주었지만 그녀는 정신상태가 온전치 못한 상태였고, 또한 보살피는 댓가의 돈이 늦어지자 자매에게 매질을 하기 시작한다. 한편, 미망인의 첫째딸은 원치않는 임신 사실을 울며 실비아에게 털어놓는다. 하지만 실수로 실비아가 아이 아빠에게 그 말을 전하게 되고, 이에 앙심을 품은 첫째딸은 미망인에게 실비아에 대한 좋지 않은 말을 꾸며내 이른다. 이때부터 미망인은 실비아에게 점점 잔인하게 학대를 하기 시작한다. 하지만 그것을 지켜보는 그녀의 아이들은 그러한 학대가 나쁘다는 것을 인식하지 못할 뿐더러 학대에 동참하는데...
보육원에서 힘든 하루하루를 보내는 소녀 애니. 마음씨 고약한 보육원장 해니건에게 질릴 대로 질린 애니는 낡은 보육원에서 도망쳐 부모님을 찾아 나선다. 뉴욕의 차갑고 매정한 거리에서 마음씨 좋은 부자 올리버 워벅스 씨의 품으로 가기까지의 여정 속에 벌어지는 수많은 사건이 음악과 함께 펼쳐진다.
