의문의 곰팡이균에 감염된 헝그리들로 가득 찬 세상. 감염을 피해 만들어진 기지 안에는 어린 헝그리들이 군인의 통제하에 있다. 그 중에서도 인간과 같은 감정을 지닌 특별한 소녀 멜라니. 닥터 콜드웰은 백신을 만들기 위해 멜라니를 해부하려고 하지만, 어린 헝그리들의 교육을 맡고 있는 저스티노는 인간과 크게 다르지 않은 멜라니에게 특별한 감정을 느낀다. 한편, 닥터 콜드웰이 멜라니를 해부하려는 그 순간, 기지 안으로 헝그리들이 습격하면서 얼마 남지 않은 인간들마저 위험에 처하게 된다. 우여곡절 끝에 살아남은 인간들은 멜라니와 함께 안전한 지역을 찾아 도망치게 되는데… 특별한 소녀 멜라니와 인간의 목숨 건 여정이 시작된다!
식물 연구 때문에 아일랜드 외곽으로 이사한 아담과 그의 아내 클레어, 핀은 마을 주민들로부터 숲에 가지 말라는 계속적인 압박을 받는다. 숲에서 딸을 잃은 콜름은 아일랜드 민화의 요정들이 사실이라며 아담과 클레어에 경고하고, 연구를 해야 하는 아담은 이를 무시한다. 그러던 어느 날 밤 느닷없이 위층 창문이 깨지며 아담은 콜름의 짓임을 의심하지만, 계속 이상한 일이 벌어지자 집에서 벗어나려던 도중에 숲에서 할로우들을 직접 목격한다. 아담과 클레어는 경찰의 조언대로 불을 켜고 철로 창문을 다 막아 할로우를 쫓으려 하지만, 집 안에 있던 할로우 중 하나가 핀을 훔쳐가고 설상가상으로 아담은 할로우에게 눈을 찔려 점점 할로우로 변해간다. 클레어가 연못으로 할로우를 쫓아가 물에 빠진 핀을 구해 오지만, 아담은 아기가 바뀌었다며 구해 온 아기를 죽이려 협박한다. 이에 클레어는 공포를 느끼고 아담에게서 멀리 도망가고, 아담은 완전히 할로우가 되기 전 진짜 핀을 구하겠다며 숲으로 들어가는데...
남아프리카 치치카마의 원시림에서 산림 감시원 가비와 윈스턴은 감시 영상 촬영을 위해 설치한 카메라를 확인하고 있다. 잠시 후 누군가에 의해 드론이 숲 속에 추락하고 가비는 위험하다는 윈스턴의 경고를 무시하고 드론을 찾아 숲 속으로 들어간다. 드론을 찾던 중 울창한 숲 속에서 길을 잃고 헤매던 가비는 바렌트와 스테판이 설치한 덫에 걸려 발을 크게 다친다. 그리고 낡은 오두막에서 원시적인 삶을 살고 있는 바렌트와 그의 10대 아들 스테판을 만난다. 바렌트는 가비를 치료해 주고 창조와 파괴의 어머니인 가이아에게 감사 기도를 드린 뒤 애벌레 등의 식사를 제공한다. 한편 가비를 찾던 윈스턴은 한 번도 본 적 없는 미지의 괴물과 마주친다. 반인 반 버섯의 얼굴을 한 괴물을 피해 달아나던 윈스턴은 곰팡이 포자에 사로 잡히고 잠시 후 그의 얼굴과 몸에서 버섯이 자라기 시작한다. 바렌트는 아픈 아내 릴리와 함께 숲 속에 들어와 스테판을 낳았으며 가이아를 만나게 되었다고 가비에게 말한다. 그날 밤, 바렌트의 오두막에 눈이 없는 버섯 괴물이 나타나고 바렌트는 인류 이전의 존재가 곰팡이 포자를 퍼트릴 준비를 하고 있다고 이야기한다. 그 후 가비가 휴대폰 사진을 스테판에게 보여주자 바렌트는 혐오스러운 악마 같은 기계라고 소리치며 가비의 휴대폰을 던져 버린다. 다음 날, 바렌트의 안내로 숲을 빠져나가던 가비는 산 채로 얼굴과 몸에서 버섯과 포자가 자라고 있는 윈스턴을 발견한다. 윈스턴은 고통스러워하며 가비에게 죽여 달라고 부탁하는데...
