검은 정장, 하얀 셔츠, 붉은색 넥타이가 트레이드 마크이며 한치의 오차도 없는 정확함과 단호함, 그리고 긍지를 가지고 있는 프로페셔널 킬러 ‘에이전트 47’. ‘니카’라는 여자를 암살하라는 지령을 받지만 이내 그를 음모에 빠뜨리기 위한 계략이라는 것을 알게 되고 러시아 군대와 인터폴에 쫓기는 신세가 된다. 이에 ‘에이전트 47’은 배후를 밝혀 내기 위해 고군분투를 벌이는데 이런 과정에서 ‘니카’를 향한 낯선 감정에 혼란을 겪게 된다.
링컨 대통령 암살범 존 윌커스 부스의 일기장에서 사라진 부분이 발견되면서, 벤의 고조부는 에이브러햄 링컨 암살의 공모자라는 누명을 쓰게 된다. 고조부의 무죄를 증명해야 하는 벤은 전세계에 퍼져 있는 실마리를 쫓아 파리와 런던, 미국 전역을 누빈다. 이 여행을 통해 벤과 동료들은 놀랍게도 뜻밖의 사실을 알게 되고, 세계에서 가장 귀중한 비밀의 실마리를 얻게 되는데...
천재 교수인 필립 브레이너드(로빈 윌리엄스)는 건망증이 보통 심한 게 아니다. 무언가 실험에 열중하면 아무 것도 기억하지 못한다. 실험에 열중해 버려 결혼식 시간도 잊어버리는 탓에, 벌써 자신이 강의하는 대학 총장인 사라와의 결혼식에 두 번이나 참석하지 못한 정도이다. 세 번째 결혼식날, 이번에는 잊지 않고 결혼식에 참석하겠다던 브레이너드 교수는 오랫동안 진행해온 실험이 성공하기에 이르자 역시 결혼식은 뒷전으로 하고 새로 탄생한 발명품에 정신을 빼앗긴다. 브레이너드 교수가 이 색다른 물체에 붙인 이름은 플러버, 즉 날아다니는 고무의 줄임말이다. 액체와 고무의 중간 형태인 듯한 '플러버'는 어디에나 집어넣기만 하면 엄청난 속도로 공중을 날아다니는 획기적인 물질이다. 이 뿐만 아니라 자동차에 설치하면 하늘을 날아다니는 차가 되고 운동화 바닥에 살짝 발라두면 매우 높이 점프할 수 있다. 플러버를 이용해 브레이너드 교수는 라이벌 대학과의 농구 경기에서 통쾌하게 이기도록 조정하지만 이를 의심한 악당들에 의해 플러버의 존재는 세상에 알려지고 만다.
메드필드 대학은 재정적으로 어려움을 겪고있는 시골마을의 작은 대학이다. 그곳의 물리화학과 교수인 네드 브래이너드는 늘 연구에 골똘해 있어서 중요한 일을 잊거나 실수를 잘 하는 사람이다. 하도 건망증이 심해서 가정부가 일일이 챙겨주는 데도 불구하고 자기 결혼식에도 세 번이나 참석하지 못했다. 그 때문에 메드필드 대학의 총장비서이며 결혼 상대자인 벳시는 더 이상 참을 수 없어서 화를 내고, 그런 벳시에게 러틀렌드 대학의 교수인 쉘비가 끈질기게 구애한다. 네드는 결혼식까지 잊어가며 연구에 몰두하다가 우연한 폭발사고로 스스로 에너지를 만들어내며 멈추지 않고 튀어오를 수 있는 고무같은 물질을 발견한다. 그리고 그 이름을 '플러버'라고 짓는다. 플러버는 지구 중력에 영향을 받지 않는 물질로 과학사에 빛날 획기적인 발견이다. 네드는 플러버를 벳시에게 보여주고 오해를 풀고 인정받고 싶었으나 뜻대로 안되고 쉘비가 방해하자 플러버를 이용해서 하늘을 나는 차로 그를 골려준다. 우연히 그의 차를 목격한, 사업가이며 고리대금업자인 호크가 네드 교수에게 동업을 제의한다. 그러나 네드가 그의 제의를 거절하자 앙심을 품은 호크와 그의 아들 비프는 음모를 꾸민다. 그들의 계략 때문에 육해공 사령관들과 많은 사람들 앞에서 네드는 망신을 당하는데, 계속 네드의 말을 믿지않던 벳시가 그의 말을 믿어주고, 힘이 되어 준다. 두 사람은 플러버의 힘을 이용해서 호크가 바꿔치기한 자기 차를 되찾고 워싱턴으로 날아간다. 그리고 우여곡절 끝에 네드의 연구 결과는 뛰어난 업적으로 인정받고, 마침내 네드와 벳시는 결혼식을 올린다.
제2차세계대전 중인 1943년 3월, 영국의 암호해독 센터의 비밀 분석가들이 나치의 유보트가 이니그마 암호를 바꿨음을 알게 된다. 당국에서는 예전 암호를 풀었던 톰 제리코를 기용해 바뀐 이니그마 암호를 다시 깨려고 한다. 영국 암호센터 내부에 스파이가 있을지도 모른다는 우려와 함께 톰의 여자 친구 클레어가 사라진다. 톰은 클레어의 친한 친구 헤스터 월레스를 통해 클레어의 사생활을 조사하게 되고, 클레어의 비밀을 알게 되는데...
악의 지도자 후만추(크리스토퍼 리)가 이번에는 지구의 바다를 모두 얼려버릴 계획을 세우고 스미스 박사(리차드 그린)가 이에 맞서 싸운다.
