あの日見た花の名前を僕達はまだ知らない。

宿海仁太、本間芽衣子、安城鳴子、松雪集、鶴見知利子、久川鉄道の6人は、小学校時代に互いをあだ名で呼び合い、「超平和バスターズ」という名のグループを結成して秘密基地に集まって遊ぶ間柄だった。しかし突然の芽衣子の死をきっかけに、彼らの間には距離が生まれてしまい、超平和バスターズは決別、それぞれ芽衣子に対する後悔や未練や負い目を抱えつつも、中学校卒業後の現在では疎遠な関係となっていた。高校受験に失敗し、引きこもり気味の生活を送っていた仁太。そんな彼の元にある日、死んだはずの芽衣子が現れ、彼女から「お願いを叶えて欲しい」と頼まれる。芽衣子の姿は仁太以外の人間には見えず、当初はこれを幻覚であると思おうとする仁太であったが、その存在を無視することはできず、困惑しつつも芽衣子の願いを探っていくことになる。それをきっかけに、それぞれ別の生活を送っていた仁太達は再び集まり始め、それぞれ抱えていた思いをぶつけあいながら絆を少しずつ修復されていく。