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ゴジラシリーズ第28作。「ミレニアムシリーズ」第6作にして完結編。時は近未来「20XX年」、世界中で核実験や戦争が頻発した結果、眠っていた多くの怪獣が目覚め人類に牙を剥いた。これに対抗するため国連は地球防衛軍を結成した。同時に他の人類より身体能力の優れた一部の人間ミュータントによる部隊「M機関」を組織した。彼らの最大の敵は1954年以降世界を恐怖に陥れた怪獣王・ゴジラであったが、南極での轟天号との戦いによりゴジラは氷塊の中へ封じ込められた。それから20年後、地球防衛軍の最新鋭艦、新・轟天号はノルマンディー沖でのマンタとの死闘により激しい損傷を受け、艦長のゴードン大佐はその責任を問われ軍法会議に処せられる。その頃、日本人初の国連事務総長である醍醐の乗った飛行機が消息を絶ち、世界中に大量の怪獣が同時に出現した。地球防衛軍が苦戦する中、突如怪獣たちは消滅し、東京の地球防衛軍本部の上空に出現したＵＦＯからＸ星人を名乗る宇宙人が、醍醐とともにあらわれる。妖星ゴラスの地球衝突を警告し、地球人との友好を求めるＸ星人であったが、その真の目的は地球侵略であった。侵略の企みを暴かれたＸ星人は再度怪獣を地球上に解き放ち、地球総攻撃を開始する。窮地に陥る中、唯一生き残った新・轟天号は、南極に眠るゴジラを覚醒させ15大怪獣と激突させるオペレーション・ファイナルウォーズを発動させる。

凶悪怪獣キングギドラが復活した。キングギドラは新しいエネルギー源を求め、日本中の子供たちを次々とさらっていく。様々な変身を遂げてきたモスラが、最強の敵キングギドラを倒すため、究極の戦闘モード「鎧モスラ」となって最後の戦いに挑む！

森林伐採の現場監督の後藤裕一は森の中で古代遺跡を発見し埋め込まれていたメダルを外す。その遺跡は妖精のエリアス族のもので、昔、地球を滅ぼそうとした宇宙怪獣デスギドラを閉じ込めた封印だった。そうとは知らない裕一はそれを持ちかえり、娘・若葉にペンダントとして与えた。エリアス族末裔の小人姉妹に「エリアスの盾と封印の意味」を知らされた後藤一家は姉妹と共に紋別へ行くが、そこには巨大な岩隗が出現していた。大樹の協力でエリアスの盾を奪還した姉妹だが、ついに岩隗からデスギドラが復活してしまう。