La storia ha come protagonista una ragazza di 17 anni, Suzume, che vive in una tranquilla cittadina del Kyushu. Un giorno incontra un giovane viaggiatore che sta cercando una misteriosa "porta" e decide di seguirlo. Proprio la ragazza scopre l'esistenza di un vecchio portale tra le rovine delle montagne. La leggenda narra l'esistenza di diverse porte collegate tra loro in tutto il Giappone e che la chiusura di una di esse porti terribili sciagure.
In Alaska, un uomo esperto in esplosivi e d'incendi scopre che il direttore di una compagnia petrolifera, pur di non restituire la terra alla popolazione eschimese, è disposto a mettere in funzione un pozzo con materiali difettosi.
L'isola paradisiaca di Melonia è abitata dal mago Prospero e sua figlia Miranda, dall'albatros Ariele, dal giardiniere dal viso di verdure e di buona indole Calibano e dal poeta dal naso canino William. Essi vivono una vita pacifica, eccetto Calibano che fatica lavorando costantemente nel giardino. Lontano pochi chilometri si trova l'isola nera di Plutonia, dove dominano gli avidi capitalisti Slug e Slagg. Una volta anche Plutonia era verde e fiorente come Melonia, ma ora è vista come l'inferno sulla terra, inquinata e cementificata, dove i bambini sono costretti a lavorare come schiavi nelle fabbriche di armi che Slug e Slagg considerano la strada per il futuro. Dal momento che le risorse di Plutonia di stanno esaurendo, Slug e Slagg hanno rivolto il loro interesse su Melonia e si mettono in viaggio per iniziare a portarvi i macchinari.
