Ez nem csak egy újabb küldetés. Az Impossible Mission Force-ot leállítják, amikor felmerül a gyanú, hogy közük van egy globális terrorista összeesküvéshez. Beindul a Fantom Protokoll, és Ethan Huntnak és új csapatának be kell épülnie, hogy tisztára mossák a szervezet nevét. Nincs segítség, nincsenek összekötők, fű alatt kell akcióba lépniük. Ennél durvább és ennél intenzívebb küldetést még senki sem látott.
Egy középiskolás számítógépzseni feketepiaci kapcsolatai révén olyan komputerprogramra tesz szert, amellyel - tudtán kívül - közvetlen kapcsolatba kerül a Pentagon főhadiszállásával. Egy jó játék reményében véletlenül megindítja a ballisztikus rakétákat vezérlő programot. Totális megsemmisítő offenzíva a Szovjetunió ellen. Atomcsapás a vörösök nagyobb városaira. A katonai vezetésen teljes pánik lesz úrrá: a programot csak egyvalaki képes leállítani: az ismeretlen kezdeményező, akiről semmit sem tudnak. Bár minden követ megmozgatnak, hogy felkutassák, ezt azonban a pánik elkerülése érdekében csak teljes titokban tehetik. A gabonasilók teteje, amelyekben a rakéták rejtőznek, a program végső fázisának megfelelően már szétnyílt. Háború indul...
Kedvenc japán szörnyünk ezúttal Mothra-val, az óriás lepkével csap össze.
A nyolcvanas évek közepén a szovjetek elhatározzák, hogy megszállják Nyugat-Németországot is. A kansasi Lawrence-ben az emberek békésen élik a mindennapi életüket, ügyet se vetve arra, hogy az atomháború napról napra közelebb kerül hozzájuk. A fokozódó nemzetközi helyzetben az első atomrakétát a szovjetek lövik ki egy német városra, aztán már szépen hullanak a töltetek, kölcsönösen. Az emberek lassan kezdik kirámolni a pincéiket Kansasban, hogy majd esetleg oda rejtőznének. Végül a háromszáznál is több szovjet atomrakéta közül kettő speciel pont a missouri-i Kansas City-t találja el. Sokan azonnal meghalnak, a többieknek pedig föl kell készülniük a radioaktív sugárzás hosszan tartó hatásaira.
Az amerikai hadsereg egyik katonai műholdja váratlanul meghibásodik, és lezuhan Új-Mexikóban. Egy speciális kutatócsoport kezdi vizsgálni a szerkezetet, és egy halálos, új vírust fedeznek fel rajta. Az ismeretlen, űrből jött vírus gyorsan mutálódik. A kutatók, versenyt futva az idővel, mielőbb meg akarják állítani, mert ha kijut a bázisról, végveszélybe sodorja az egész emberiséget.
A történet nagyjából az Iris idején kezdődött, amikor Kim Hyun-junt Budapesten árulóként üldözik az észak-koreaiak. A dél-koreai miniszterelnök, Cho Myung-ho (Lee Jung-gil) érdeklődik a nukleáris technológia fejlesztése iránt, hogy a század legfejlettebb és legköltséghatékonyabb energiaforrásával irányítsa a világot. Ennek érdekében megkérte Dr. Kwon Yong-kwan titkosügynököt (Yoo Dong-geun), hogy segítsen elrabolni az áruló észak-koreai tudóst, Dr. Kim Myeong-gukot. Dr. Kwon vállalta a küldetést, amelyet majdnem tönkretett az Athéné-csapat Son Hyeok (Cha Seung-won) vezetésével, akik megpróbálták ellopni Dr. Kim nukleáris technológiáját.
Bár a hirosimai borzalmak után nehéz lenne félelmeinket megalapozatlannak minősíteni, Stone mindazonáltal kitart amellett, hogy az atomenergiát méltánytalanul becsmérelték, és amellett érvel, hogy nemcsak tiszta, bőséges és biztonságos, hanem talán az emberiség legígéretesebb reménye a közelgő éghajlati katasztrófa elhárítására. Áramunk jelentős része még mindig földgáz- és kőszénégetésből ered. Mégpedig egyre többől! Ha nem csökkentjük a szén-dioxid kibocsájtásunkat közel 100%-kal, a világ súlyos károkat szenved. A probléma komolyabb, mint gondoltuk!
Ben Fogle egyedülálló utazáson vesz részt: harmincöt évvel a világ legszörnyűbb atomkatasztrófája után egy hetet tölt a csernobili tiltott zónában. Ben külön engedéllyel juthat egészen a 30 km-es zónának nevezett övezet mélyére, az elhagyatott városokba és erdőkbe és a csernobili atomerőműbe. Az elátkozott építmény maradványai között bemerészkedik a 4-es vezérlőterembe, és ezáltal egyike lehet azon kevés kívülállónak, akik megszemlélhetik az eredeti csernobili szarkofágot, a reaktor köré emelt védőburkot. Napjainkba, amikor környezetünk az összeomlás szélén áll, talán ez a filmre vett egy hét mégis bizakodásra ad okot és egyben rávilágít arra, mit jelent Csernobil öröksége a mai világban, és van-e jövője a Föld legradioaktívabb városának.
