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En 48 avant J.-C., Jules César, consul de Rome, poursuit Pompée jusqu'en Égypte où le jeune souverain, Ptolémée, fait exécuter le fugitif. Écartée du trône d'Égypte par son frère, Cléopâtre demande l'aide de César pour rétablir son pouvoir. Celui-ci accepte, succombe à ses charmes et lui donne un fils, Césarion. Deux ans plus tard, la sulfureuse jeune femme débarque à Rome en grande pompe. Sa joie de retrouver son mari est de bien courte durée, puisque César est victime d'une cabale montée par ses plus proches collaborateurs. C'est au tour de Marc Antoine de tomber amoureux fou de Cléopâtre.

IVe siècle après Jésus-Christ. L’Égypte est sous domination romaine. À Alexandrie, la révolte des Chrétiens gronde. Réfugiée dans la grande Bibliothèque, désormais menacée par la colère des insurgés, la brillante astronome Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées depuis des siècles, avec l'aide de ses disciples. Parmi eux, deux hommes se disputent l'amour d'Hypatie: Oreste et le jeune esclave Davus, déchiré entre ses sentiments et la perspective d'être affranchi s'il accepte de rejoindre les Chrétiens, de plus en plus puissants.