Jason Bourne pelastetaan merestä keho täynnä luodinreikiä. Herättyään hän ei muista nimeään eikä mitään menneisyydestään. Hänen reaktionsa ovat kuitenkin salamannopeita ja tappavia. Eräänä päivänä hänet tunnistetaan ja helvetti pääsee valloilleen. Pian hänellä onkin murhanhimoiset takaa-ajajat perässään ja hänen on selvitettävä henkilöllisyytensä pelastaakseen henkensä.
New Yorkin JFK:n lentokentälle saapunut Viktor Navorski joutuu tietämättään byrokraattisten ongelmien keskelle: sotatilan takia hän ei voi palata kotimaahansa eikä toisaalta jalkautua Yhdysvaltoihin. Viktor joutuu siis jäämään lentokentälle elämän odotustilaan, jossa hän kaikkien odotusten vastaisesti saa uusia ystäviä, uuden työpaikan sekä kokee elämän lahjoista suurimman - rakkauden.
Neil ja Christine viettävät lomaa upealla saarella Thaimaan rannikolla. Eräänä aamuna he heräävät ilman muistikuvia edellisen illan tapahtumista. Kauhuissaan he löytävät Neilin kamerasta videon, jossa Neil murhaa Christinen. Seuraavan lautan saapumiseen on vielä vuorokausi aikaa ja taifuuni uhkaa saarta. Pariskunta yrittää käydä läpi yön tapahtumia, mutta joutuu yhtäkkiä mustan magian, mysteerien ja murhien verkkoon!
John Brennanin elämä vaikuttaa täydelliseltä, kunnes hänen vaimonsa Lara pidätetään raa’asta murhasta epäiltynä. Lara vannoo olevansa syytön. Kolme vuotta tuomion jälkeen John joutuu ponnistelemaan pitääkseen perheensä kasassa. Hän kasvattaa heidän poikaansa yksin ja opettaa collegessa samaan aikaa kun hän tekee kaikkensa todistaakseen vaimonsa syyttömyyden. Kun heidän viimeinen valituksensa tuomiosta hylätään Lara yrittää itsemurhaa ja John päättää, että on vain yksi mahdollinen ratkaisu: vaimon vankilapaon järjestäminen. John kieltäytyy luovuttamasta mahdottomalta tuntuvan tehtävän edessä ja laatii monimutkaisen pakosuunnitelman, jonka myötä hän joutuu sukeltamaan tavalliselle perheenisälle vaaralliseen ja outoon maailmaan. Johnin on oltava valmis uhraamaan kaiken pelastaakseen rakkaansa.
