Thomas Anderson lleva una doble vida: por el día es programador en una importante empresa de software, y por la noche un hacker informático llamado Neo. Su vida no volverá a ser igual cuando unos misteriosos personajes le inviten a descubrir la respuesta a la pregunta que no le deja dormir: ¿qué es Matrix?
Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.
Quedan veinte horas para la irrupción de las máquinas en Sión, el último bastión de los humanos libres. Mientras el cuerpo de Neo permanece en coma, su consciencia se encuentra en tierra de nadie, en un lugar entre el mundo humano y el de las máquinas.
En un mundo compuesto por dos realidades, lo cotidiano y lo oculto tras ella, Thomas Anderson se ve obligado de nuevo a ir tras el conejo blanco. Dicha elección continúa siendo la vía de acceso a Matrix, que esta vez es más poderosa e intrincada que en ocasiones anteriores.
Dean Corso (Johnny Depp) trabaja de forma confidencial, con sumo cuidado, dotado de una sólida cultura, nervios de acero y pocos escrúpulos. Su reputación le ha servido para recibir la llamada de Boris Balkan (Frank Langella), un apasionado de los textos demoníacos que quiere encontrar los dos últimos libros del legendario manual de invocación satánica De umbrarum regni novem portis: Las nueve puertas del Reino de las Sombras. De Nueva York a Toledo y de París a Sintra, Corso se verá inmerso en un laberinto lleno de peligro, tentaciones, aterradoras sorpresas, violencia y muertes inesperadas.
Simultáneamente a varios fenómenos inexplicables sucedidos en otros puntos del planeta, Abby Quinn, una joven norteamerican, se queda en estado. Tras un embarazo muy complicado, comienza a sentir miedo en el momento en el que ella y su marido alquilan su pequeño apartamento a David, un misterioso vagabundo. Abby, tras vivir unas experiencias metafísicas muy violentas, se da cuenta de que David está llevando a cabo las místicas profecías del "Día del Juicio Final" y que ella ha sido elegida como el instrumento de La Séptima Profecía.
Basado en el best seller de James Redfield, en el que un grupo de personas debe encontrar un antiguo manuscrito perdido en la jungla. El azar o el destino llevan a John a la selva tropical del Perú, donde unos investigadores acaban de descubrir unos escritos ancestrales, que contienen nueve revelaciones que anuncian el comienzo de una nueva etapa que cambiará la percepción del hombre sobre el mundo. Estas revelaciones suponen una amenaza y un riesgo para quienes las conocen.
Una serie de sucesos misteriosos y pertubadores comienzan a suceder cuando un camarero de Nueva Orleans contesta a la llamada de un teléfono olvidado en un bar.
