Los criptozoólogos de la agencia Monarch se enfrentan a un grupo de enormes monstruos: Godzilla, Mothra, Rodan y el enemigo de la humanidad, King Ghidorah. Estas ancianas criaturas harán todo lo posible por sobrevivir, poniendo en riesgo la existencia del ser humano en el planeta.
Los Xillian, una raza alienígena, inicia la invasión de la Tierra, primero mediante engaños y después abiertamente, sirviéndose de un pequeño ejército de monstruos gigantes. Solo un grupo de resistencia formado por miembros de la EDF (Earth Defense Force) podrá hacerles frente. Pero para derrotar a los monstruos deberán despertar de su letargo en la Antártida a la peor amenaza que jamás haya conocido la humanidad, pero que ahora podría ser la última esperanza de salvación: el Rey de los Monstruos, Godzilla.
En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.
Dos astronautas, uno norteamericano y otro japonés, viajan hasta el Planeta X, un nuevo astro que ha surgido más allá de Júpiter. Allí descubren una civilización extraterrestre, los X-iens, que vive en un complejo mundo subterráneo protegiéndose de las desastrosas condiciones de la superficie, dominada por una destructiva criatura monstruosa que han bautizado como Monster Zero.
