Eine Organisation aus der Zukunft sendet das speziell trainierte Ogre Team, das Endou Mamoru und sein Team besiegen soll, um ihn davon abzuhalten die Welt mit seinem Fußball zu beeinflussen.
Matsukaze Tenma, einem Schüler im ersten Jahr kommt auf die Raimon Junior High und tritt dessen berühmten Fußballclub bei. Die Organisation Fifth Sector hat die Kontrolle über den Fußball in Japan übernommen, weswegen in Raimon die Leidenschaft für den Fußball nicht mehr existiert. Kurz nachdem Trainer Endou die Mannschaft verlassen hat, ordnet Fifth Sector an, dass die Raimon Elf einen Ausflug machen soll, mit dem unter anderen auch Trainer Enodu etwas zu tun haben soll. Die Raimon Elf muss sich nun ihrer größten Herausforderung - Team Zero stellen.
Das Spiel der Superlative steht kurz bevor: Neo Inazuma Japan, die besten Spieler der Holy Road, gegen Legend Inazuma Japan, die alte Inazuma Japan, die vor 10 Jahren den Weltmeisterschaftstitel holte. Doch während dieses spannenden Spiels wird das Stadion plötzlich von einer LBX-Armee angeriffen. Als Tenma und seine Freunde in der Klemme stecken, taucht plötzlich Ban und sein Team auf und schlagen die feindlichen LBX in die Flucht. Jedoch können sie nicht verhindern, dass die Welt von Tenma und den anderen langsam verschwindet. Tenma und seine Mannschaft jedoch knapp entkommen und tut sich darauf hin mit Bans Team zusammen, um ihre Welten zu retten.
Mamoru Endou is a cheerful goalkeeper in Raimon Jr High, with six other players in the team. But there was a day when the team was almost lead to disbandment by Natsumi unless they are able to win the match against the Teikoku Gakuen, currently the best team in Japan. He tried to save the club by gathering four more players to join the team.
Ares depicts an alternative canon following the events of the first season of the original Inazuma Eleven anime after their victory in the Football Frontier, with the alien attack from the second season never occurring. When Japanese soccer has been deemed weak compared to international competition, the Raimon Eleven disbanded with its members transferring into different soccer teams across the country to strengthen Japan's soccer at a national level. Furthermore, sponsorship has become a vital aspect in a Japanese youth soccer team's survival as it prevents a team's disbandment while being essential to partake in matches. The series focuses on the forward Asuto Inamori and his team, Inakuni Raimon, which is made up of players from the remote Inakunijima Island. Needing to maintain their club, they have replaced the original Raimon Eleven as Raimon Junior High's soccer team and compete as underdogs in the annual Football Frontier youth tournament.
