I 1600-tallet rejser to jesuiterpræster, Rodrigues og Garrpe, fra Portugal til Japan for at finde deres forsvundne mentor, fader Ferreira, som rygtes at være faldet fra troen. De ankommer til et uforsonligt og fremmed rige, hvor kristendommen er bandlyst, og al kontakt med den vestlige verden er uønsket. Shogunstyrets tortur af kristne præster bevæger Rodrigues til at gruble over Guds manglende indgriben.
Journalisten Robert Torres (Dougray Scott) bliver bedt om at skrive en bog om den kanoniserede præst Josemaria Escriva, der grundlage Opus Dei organisationen. Det går op for Torres, at hans far, som han ellers ikke taler med, kendte præsten da han var yngre. De var født i samme by og gik endda i skole sammen. Filmen går tilbage til 1911 og til den spanske borgerkrig, hvor kimen til de to mænds skæbner blev lagt.
Jeanne d'Arcs Lidelse og Død er baseret på protokollerne fra den rettergang, som i 1431 førte til Jeanne d’Arcs domfældelse for kætteri og henrettelse på bålet. Den månedlange proces er i filmen trængt sammen til et langt kortere forløb. Jeanne står alene mod en hel skare af præster og munke, der med en byge af spørgsmål prøver at presse hende til at indrømme, at hendes visioner ikke er sendt af Gud; men selv under trussel om tortur står hun fast. Hun er for syg til, at dommerne tør pine hende, men ved at true hende med at blive brændt på bålet får de hende til at skrive under på, at hendes visioner var falske. Hun fortryder dog snart, og hun bliver brændt levende. På tilskuerne virker hendes død som et martyrium, og folkemængden rejser sig til oprør mod undertrykkerne.
