En aquesta ocasió, els G.I Joes no només hauran de lluitar contra el seu enemic mortal, Cobra, sinó que a més es veuran obligats a bregar amb les amenaces de dins del govern que posen en perill la seva pròpia existència.Dirigida per Jon M. Chu, i produïda per Lorenzo di Bonaventura i Brian Goldner, amb un guió de Rhett Reese i Paul Wernick. Basada en els personatges de G.I. Joe® de Hasbro.
G. I. Joe és el nom en clau d'una força especial altament entrenada la missió fonamental de la qual és defensar la llibertat humana i la pau mundial. Els valerosos Joes són homes i dones de coratge, amos duna barreja dinàmica de talents especials, personalitat i ingenuïtat. Dotats d'algunes de les armes més sofisticades que es puguin concebre, aquests individus constitueixen la força més formidable de combat del món.
Dos submarins nuclears, un de soviètic i un de nord- americà, desapareixen misteriosament. L'agent soviètic, Anya Amasova i uns microfils que contenen els plans dels sistemes electrònics de defensa dels submarins nuclears. Malgrat que dos dels seus contactes moren en mans d'un gegant anomenat Jaws, Anya i James aconsegueixen els microfilms i des d'ara treballen amb coordinació. Sospiten de Karl Stromberg, propietari d'una companyia de navegació, que viu en un laboratori submergit en alta mar. A bord d'un caça-submarins arriben fins a un petroler gegantesc que pertany a Stormberg. Quan s'hi acosten, aquest obre unes portes i se'ls empassa. L'interior del vaixell és en realitat una base de submarins nuclears.
