يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.
استكمالا للجزئين الاول والثاني يظل كل من الأسد الكس و الحمآر الوحشي مارتي و فرس النهر جلوريا والزرآفة ميلمان في محاولة مستمرة للعودة إلى وطنهم ولكن تلك المرة رحلتهم عبر أوروبا حيث الكثير من المتع التي يتخيلون معها كأنهم بوطنهم مدغشقر.
إستكمالاً لأحداث الجزء الأول، تحاول الحيوانات العودة إلى موطنها في نيويورك، ومنهم الأسد (أليكس) بعد أن تخلى عن طبيعته المفترسة، لكن تسقط الطائرة التي صنعها البطاريق في إحدى المحميات في أفريقيا، يلتقي فيها الأسد (أليكس) بعائلته، ويحاول إثبات نسبه الملكي بالصراع مع (مكونجا)، في الوقت ذاته تكون الزرافة (ميلما) هي الطبيب الساحر الجديد، في الوقت الذي تحاول فيه البطاريق صنع طائرة جديدة للعودة إلى نيويورك.
ينجو باي مع نمر بأعجوبة بعد تحطم الباخرة التي تقله مع عائلته إلى كندا ليأخذه البحر إلى أماكن وعوالم مليئة بالمغامرة والمخاطرة ويخوض صراع البقاء.
Follow three groups of animals – caribou, zebra, and elephants – as they face the immense challenges of migration in places around the world.
